Skogen domineras av gamla brandpräglade tallskogar, där några av tallarna når aktningsvärda åldrar på minst 200 år. Vissa av dessa gamla tallar har överlevt två-tre bränder vilket syns genom antalet brandljud – kolnade märken på stammen.
Tack vare de återkommande bränderna tillhör Ejheden Europas utpekade kärnområden för brandberoende insekter. Det är också ett av Sveriges rovdjurstätaste områden, med både kungsörn, björn, lodjur och varg.
Cirka tolv procent av skogen består av lövrika barrskogar och tillhör de artrikaste markerna inom ekoparken. Här finns bland annat den klargröna lunglaven att beskåda, en art som varken klarar luftföroreningar eller hårt skogsbruk.