Några exempel på hotade arter är:
Raggbock
Raggbocken finns i dag endast på några få platser i Sverige. Ett skäl till att den trivs i Hornsö är att skogen är öppen och ljus och att det finns gott om döda tallar. Raggbocken lever fyra år som larv i liggande tallstammar och tre veckor som vuxen skalbagge. För att arten ska trivas måste tallen ha legat på marken i minst tio år och helst ska rätt svampart vara med i nedbrytningen av trädet.
Igelkottstaggsvamp
Den akut hotade igelkottstaggsvampen lever i stammen på gamla lövträd, oftast levande men även döda träd. Arten har minskat kraftigt under senare tid, vilket framför allt beror på att lämpliga äldre träd försvinner. Framför allt föredrar den bok och ek. I dag finns det bara ett fåtal kända växtplatser i Sverige. Två av dem finns i Hornsö.
Blomskägglav
Blomskägglav växer framför allt på grenar och klena stammar av ek. Den kan hittas på fristående hagmarksekar, i bokskogar och glesa ekskogar. I takt med att dessa miljöer har blomskägglaven blivit mer och mer sällsynt.