Här finns en småskalig dynamik av återkommande översvämningar och tillfälliga vattenspeglar, framför allt tack vare bävrarnas flitiga arbete. I många av vattendragen finns öring och den sällsynta flodpärlmusslan.
Skogsbäckar och tjärnar
Ekoparken är rik på små rännilar, skogsbäckar och tjärnar. De stora höjdskillnaderna gör att många vattendrag har starkt forsande lopp i dalar och förkastningsbranter. Flera riktiga vattenfall kastar sig utför klipphällarna och i den fuktiga miljön omkring dem trivs många sällsynta mossor och lavar.
Myrar och sumpskogar
Omkring sex procent av Ekopark Kilsbergen utgörs av våtmarker men här finns få öppna myrvidder. Istället breder en mosaik av små myrar och sumpskogar ut sig i landskapets svackor. Myrarna är i stort sett opåverkade av dikning medan nästan samtliga bördiga gransumpskogsmiljöer har dikats.
Flera av tallmyrarna i ekoparken har en påtaglig naturskogsstruktur. Myrar och sumpskogar hyser många sällsynta och vackra arter, såsom dunmossa, granspira och den storslagna orkidén guckusko