I Rautiorova finns fler gamla träd än i någon av de andra ekoparkerna som Sveaskog har inventerat. Hela 48 procent av ekoparkens skogar har höga naturvärden och klassas som nyckelbiotoper eller naturvärdeslokaler.
Urskogslika granskogar
Nästan hälften av ekoparkens skogar är över 150 år och räknas därmed som gammelskog. Större delen av dessa är urskogsartad granskog på hög höjd, där tiden går långsamt. Hårda vintrar och korta somrar har gjort träden vridna, med sluttande grenar och långa skägg av hänglavar.
På de höga höjderna har det sällan brunnit och många granar är över 400 år gamla. Det är svårt att åldersbestämma granar exakt eftersom deras kärna ofta är rötad, men en frisk gran i ekoparken kunde bestämmas med hjälp av trädborr till drygt 380 år.
Lövrika skogar
Nästan hälften av ekoparkens skogar räknas som lövrika 15 procent är ren lövskog. Detta är mycket högt jämfört med Sveriges övriga skogslandskap, där lövet har minskat dramatiskt under de senaste 100 åren.
En förklaring Rautiorovas lövrikedom är att skogarna har brunnit ofta och på brandfälten har lövträdens frön fått det ljus och den näring de behöver för att växa. En annan orsak är att skogsbruket aktivt har gynnat lövträden, eftersom de har haft bäst tillväxt i området.
Hela Tornedalen är ovanligt lövrikt och därför är det viktigt som ett stort landskap där många lövträdsarter kan överleva och sprida sig vidare.
Våtmarker
En knapp fjärdedel av ekoparken utgörs av våtmarker. Områdets grönstensrika berggrund märks även i våtmarkerna och här finns många arter som är karakteristiska för så kallade rikkärr. Genom ett högt pH-värde hyser rikkärr ofta en mängd orkidéer och andra sällsynta arter. Den största våtmarken finns kring sjön Vikevajärvi och den har fått högsta skyddsklass i
Länsstyrelsens våtmarksinventering.