Öarna inom Ekopark Ridö började stiga ur havet för cirka 4 000 år sedan. Under järnåldern (500 f Kr. – 500 e Kr.) började öarna att koloniseras av människor, som ägnade sig åt fiske och boskapsskötsel. Några stensättningar från den tiden finns än i dag på Ridön. De äldsta skriftliga källorna härstammar från tidig medeltid och de äldsta kartorna är från 1600-talet.
Folkskola
Arkipelagen utgjorde hemvist för många människor förr i tiden. 1849 uppfördes en folkskola centralt på Ridön. I slutet av 1800-talet bodde drygt 200 personer i arkipelagen, varav drygt 20 var skolbarn. Sedan dess har invånarantalet stadigt sjunkit, och skolan stängdes 1961.
Ägarförhållandena har skiftat genom åren. Ridön, som ett exempel, var från början i privat ägo för att sedan övergå i kyrkans ägo under medeltiden. Vid reformationen blev dock Ridön kronans egendom. Vid denna tid tror man att ett skeppsvarv varit beläget på ön. Ett av de skepp som skall ha tillverkats vid detta varv var ett regalskepp som gick under namnet Riksnyckeln. Skeppet förliste 1628 under en storm i Stockholms skärgård.
Jordbruk och boskapsskötsel bedrevs i arkipelagen. Jordbrukets förändring från inägor och utmark fram till dagens utseende och placering av åkrar, betesmarker och byggnader går att följa med hjälp av kartor från olika år.
Skogsbruk i modernare tappning har bedrivits sedan andra hälften av 1800-talet. 1984 blev hela Ridö-Sundbyholmsarkipelagen naturreservat. Skogsbruk har dock tillåtits fortgå på en betydande del av arealen. I samband med bildandet av Ekopark Ridö-Sundbyholmsarkipelagen år 2005 upphörde skogsbruket helt inom området.
